১১ জানুয়ারী, ২০০৭ তারিখে নিয়মতান্ত্রিক তত্ত্বাবধায়ক সরকারকে অপসারণ করে বাংলাদেশ সেনা বাহিনীর তৎকালীন চিফ অফ স্টাফ লেফটেন্যান্ট জেনারেল (পরে জেনারেল হিসেবে অবসর নেন) মঈন উদ্দীন আহমেদের হস্তক্ষেপে একটি অগণতান্ত্রিক ও অস্থায়ী সরকার গঠিত হয়। ১২ জানুয়ারী উপদেষ্টা পরিষদ নাম্নী একটি মন্ত্রীসভা গঠিত হওয়ার পর সরকারের পক্ষ থেকে দেশের শীর্ষ রাজনীতিবিদ ও ব্যবসায়ীদের বিরুদ্ধে দূর্নীতির অভিযোগ প্রচুর মামলা দায়ের করা হয়।
৭ মার্চ, ২০০৭ তারিখে একটি দূর্নীতির মিথ্যা মামলার আসামী করে তারেক রহমানকে তার ঢাকা ক্যান্টমেন্টস্থ মইনুল রোডের বাসা থেকে গ্রেপ্তার করা হয়।
আটকাবস্থায় শারীরিক নির্যাতন
গ্রেপ্তারের কিছুদিন পর তারেককে আদালতে হাজির করা হলে তার শারীরিক অবস্থার প্রচন্ড অবনতি সবার নজরে পড়ে। তার আইনজীবিরা আদালতে অভিযোগ করেন যে জিজ্ঞাসাবাদের সময়ে তারেক রহমানের উপর শারীরিক নির্যাতন চালানো হয়েছে। আদালতের নির্দেশে চিকিৎসকদের একটি দল পরীক্ষা-নীরিক্ষার পর আদালতকে জানায় যে তারেক রহমানের উপর শারীরিক নির্যাতনের অভিযোগ যুক্তিযুক্ত।প্রথমে আইনজীবিরা আদালতে আবেদন জানান যেন তারেক রহমানকে জিজ্ঞাসাবাদের উদ্দেশ্যে রিমান্ডে পাঠানো না হয়। আদালত সেই আবেদন প্রত্যাখ্যান করেন। কিন্তু পরে দেখা যায় রিমান্ডের পর তারেক রহমানের শারীরিক অবস্থার ক্রমান্বয়ে অবনতি হচ্ছে। এক পর্যায়ে তারেক রহমান আর নিজের পায়ে হেঁটে আদালতে আসতে পারতেননা; তাকে প্রিজন ভ্যানের পরিবর্তে অ্যাম্বুল্যান্সে করে আনা প্রয়োজন হত ও তিনি এজলাসে উপস্থিত হতেন স্ট্রেচারে করে। এই পর্যায়ে আদালত রিমান্ডে নেয়ার আদেশ শিথিল করে তা কমিয়ে ১ দিন ধার্য করেন ও জিজ্ঞাসাবাদকারীদের সাবধানতা অবলম্বনের আদেশ দেন।অবস্থার অবনতি অব্যাহত থাকলে তারেক রহমানকে কেন্দ্রীয় কারাগারের পরিবর্তে ঢাকার শাহবাগস্থ বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় হাসপাতালে স্থানান্তর করা হয়।
২৫ আগস্ট, ২০০৭ তারিখে খবর ছড়িয়ে পড়ে যে তারেক রহমান তার হাসপাতাল কক্ষে পা পিছলে পড়ে গিয়ে আহত হয়েছেন। এরপর খবরের সত্যতা নিয়ে সন্দেহ সৃষ্টি হয় ও ধারণা সৃষ্টি হয় যে আইন-শৃংখলা রক্ষাকারী বাহিনীর নির্যাতনকে গোপন করার লক্ষ্যে এই খবর ছড়ানো হয়েছে। এতে দেশের বিভিন্ন স্থানে বিক্ষোভ দেখা দেয়, বিশেষ করে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়, চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয়, রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়, ঢাকা কলেজ ও ময়মনসিংহ মেডিকেল কলেজে বিক্ষোভ ছড়িয়ে পড়ে।